Nach dem Einsturz der alten Pfarrkirche auf dem Margaretenplatz im Jahre 1814 musste wegen des schlechten Baugrundes ein neuer Standort für die Kirche gefunden werden. Da das Grundstück an der heutigen Rheinbabenstraße eine Ostung nicht zuließ, weist der Chor der 1819/20 errichteten neuen Kirche nach Süden.
Die Gestaltung des Turmes erscheint für die Bauzeit recht konservativ. Der Überlieferung nach richtete man sich nach den Formen des 1789 errichteten Vorgängers, von dem jedoch außer einer Messdienerskizze auf der Karfreitagsrassel (im Museum Burg Linn) keine Abbildungen existieren. Auf dem barocken Hauptaltar befindet sich eine Figur der Kirchenpatronin, der heiligen Margareta. Flankiert wird sie zu beiden Seiten des Chores von der heiligen Barbara und der heiligen Katharina, die als Nothelfer im Rheinland häufig zusammen mit Margareta verehrt werden.
Außerdem gibt es eine Statue des heiligen Matthias. Er steht für die frühere Matthiasbruderschaft und die immer noch ausgeübte Wallfahrt nach Trier, die früher als bedeutendste Matthiaswallfahrt am Niederrhein galt.
Aus der alten Margaretenkirche stammen die beiden Glocken, von denen die kleinere noch ins späte Mittelalter datiert. Das wichtigste aus der alten Margaretenkirche übertragene Ausstattungsstück ist das Linner Kreuz (Lennsche Herrgott).
Wahrscheinlich wurde es im 14. Jahrhundert in Köln hergestellt, der Sage nach soll es jedoch schon in der ersten Linner Kirche (Alde Kerk im Feld, ca. 1,5km östlich der Stadt) gestanden haben. Von dort wurde es angeblich durch das Hochwasser von 1279 zum Linner Sandberg gespült, wo es ein Bauer fand. Vermutlich geht diese Sage jedoch auf den Umstand zurück, dass die Alde Kerk eine Kreuzkirche war. Das Patrozinium ging anscheinend auf die Kreuzzüge zurück.
